Delegada Nacional e Ponto de Contacto (NCP) para o Horizonte Europa, o Programa-Quadro da União Europeia para a Investigação e Inovação, prestando apoio nas áreas de “Alimentação, Bioeconomia, Recursos Naturais, Agricultura e Ambiente” (Pilar II, Cluster 6), incluindo as Missões e Parcerias associadas. Representante nacional portuguesa no States Representative Group da Parceria Circular Bio-based Europe Joint Undertaking (CBE JU). 

Maria João Fernandes é licenciada e doutorada em Engenharia Agro-Industrial pela Universidade Técnica de Lisboa. Após a licenciatura, desenvolveu investigação pós-graduada nas áreas da ecologia microbiana e avaliação de riscos ambientais, tendo posteriormente assumido a responsabilidade pelo Laboratório de Microbiologia no Departamento de Controlo de Qualidade de uma empresa do setor agroalimentar. 

Em 2002, iniciou a sua atividade na área da gestão da ciência, tendo trabalhado durante quatro anos como Gestora de Programas de Investigação na Direção-Geral da Investigação e Inovação da Comissão Europeia, nas temáticas da qualidade e segurança alimentar, biotecnologia e gestão de recursos naturais. Desde 2008, desempenha funções como Ponto de Contacto Nacional, Perita e Delegada nos Programas Europeus de Investigação e Inovação (FP7, Horizonte 2020 e Horizonte Europa), sendo atualmente responsável pelas áreas abrangidas pelo Cluster 6 do Horizonte Europa (Alimentação, Bioeconomia, Recursos Naturais, Agricultura e Ambiente), incluindo as Missões do Solo e dos Oceanos e Águas, bem como a Parceria Circular Bio-based Europe Joint Undertaking (CBE JU).